葉、枝を健胃薬、駆虫薬としてもちいる。干したものを袋に詰め衣類の防虫剤として使う。 リキュール、ハーブ酒などに香り付けなどの目的でつかわれる。ニガヨモギを用いたリキュールでは、「緑の魔酒」ともいわれるアブサンが有名だが、白ワインを主にニガヨモギなどのハーブを浸けた、チンザノなどのベルモットの方が一般的である。 一度にたくさん摂取すると含まれるツヨンにより嘔吐、神経麻痺などの症状が起こる。また、習慣性が強いので連用は危険である。

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